植入“牙根”部分，我們通常稱為種植外科部分，即手術部分。
首先是術前準備。患者在完善上述的檢查經過醫生確認合格後，預約手術。術前半小時預防性服用抗生素和止疼藥，簽種牙同意書，用漱口水漱口，穿好清潔的隔離服，帶好帽子、鞋套進入手術室。種植間是無菌的，所以手術前的準備和要求比較嚴格，所有的一切都是為了種牙成功，患者不用緊張。
接下來是手術的過程。患者進入手術室躺在牙椅上，由助手進行消毒、鋪手術巾，這個過程也是為了保證手術區域的無菌和清潔。手術開始，先打點麻藥，在牙齦切個小口，露出骨頭後，逐步鑽磨並將種植體放進去，最後縫上。需要說明的一點是：在種上牙根之後，鑲上牙套之前，需要用一個小工具使牙齦形成理想的形狀，這個小工具就叫癒合基臺。骨頭條件好的可以種牙手術縫合時直接安放癒合基臺；反之，需要縫合牙齦切口，待2~3個月後種植體跟骨頭長在一起了，再在牙齦切個小口安放癒合基臺。
上面所描述的手術過程，是對於牙槽骨條件良好，有足夠的寬度、高度不需要植骨的病例。還有一部分病例，因為骨頭條件不夠好，需要植入人工骨或是自體骨，手術過程可能會略複雜一些，癒合時間也會略長一些。
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