1）面型美學尚未達到要求：
早期正畸的目標就只有矯正牙齒，牙齒排列整齊，尖窩交錯好，上下頜關係正常。後來逐漸關注到骨骼畸形，然後建立了以骨骼為導向的正畸。再後來我們進步到以改善面型為導向的正畸設計和治療。
面型的改變和原因很複雜，是個沒有標準結論的話題。只是牙齒回收就能改善面型嗎？並不是。牙齒和麵型的矯正可以進行三維方向的調整：前後向、垂直向、橫向。嘴突的改善可以通過回收牙齒進行前後向的改善。牙弓狹窄可以通過擴展牙弓進行橫向的改善。牙齒暴露過多、露齦笑、臉長可以通過壓低牙齒進行垂直向的改善。垂直向的變化對面型改善占比越來越大。有時候一個患者不拔牙，醫生也可以靠改變平面把下巴給他做出來。有時候一個面型很好看的人，雖然拔牙了，但是做著做著越來越難看，因為垂直向失控了。
正畸治療不是只有牙列，還有平面。平面的變化引起了前牙和後牙垂直向的變化。隱形矯治設計軟體只有牙列，沒有牙列的傾斜角度，也就是缺少牙列和麵部的相對位置關係，沒有垂直向的變化，沒有架。
2）功能尚未達到要求：
正畸治療需要矯治後牙，才能改善功能咬合。並不是看起來的中性關係牙尖交錯位就是好的咬合。動態咬合前伸後牙無干擾，側方平衡側無干擾能做到嗎？不治療後牙，不黏後一顆磨牙，肯定做不到。隱形矯治從推出的一刻起，對後牙的控制就一直是困難的。拔牙矯治為什麼難做，就是因為後牙難控制。要做出功能好的咬合，一個能治後牙的矯治器才是合格的矯治器。
3）數位化精確程度尚未達到要求：
隱形矯治是一個數位化正畸的產品。數位化本身就是精確化的前提條件。傳統正畸是非常模糊的，牙齒移動到什麼位置可以預測大致範圍，但是預測不到最終位置。數位化可以做到精確設計、精確移動、精確結果。完美的數位化一定要和顱面骨骼連在一起，牙齒長在骨骼上，頭顱側位片上看牙齒的唇傾度，都應該反映在和顱面CBCT數據與牙齒數據的組合上。正畸的排列效果要求所有牙齒的牙根儘量平行，有時候牙冠排列整齊，牙根卻並不平行。只有影像學檢查可以發現牙根的排列是否平行。目前的隱形矯治還沒有把牙根數據也加入到牙齒排列設計軟體中。高度的數位化可以看到牙齒和牙槽骨的關係以及移動中的變化，從而可以儘量增加醫療安全性。隱形矯治還沒達到這樣數位化。
但是這些缺陷只是暫時的，隨著科技進步，相信這些難關都可以克服！
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